Según lo dispuesto en el Apartado C, del Artículo 8, de la Ley de la Universidad de Puerto Rico, las funciones de la Junta Administrativa serán las siguientes: asesorar al rector en el ejercicio de sus funciones, elaborar los proyectos y planes de desarrollo de esta unidad institucional, considerar el proyecto de presupuesto de esta unidad institucional, sometido por el rector y conceder, a propuesta del rector, las licencias, los rangos académicos, la permanencia y los ascensos del personal docente y técnico de esta unidad institucional, de conformidad con el Reglamento General de la Universidad.

Conforme a lo establecido en el Reglamento General de la Universidad de Puerto Rico, la Junta tendrá, además, las siguientes funciones: evaluar el impacto fiscal de los programas académicos, así como los proyectos de la División de Educación Continuada y Estudios Profesionales (DECEP), antes de ser elevados a los organismos superiores, hacer recomendaciones al rector y, por su conducto, a los funcionarios u organismos universitarios, sobre aquellos asuntos de la competencia de estos que le sean referidos, o sobre la materia que la propia Junta juzgue pertinente expresarse y establecer, mediante reglamentación interna, la estructura y procedimientos necesarios para su funcionamiento en armonía con la Ley Universitaria y el Reglamento General de la Universidad.

La Junta Administrativa estará integrada por: el rector de la Universidad de Puerto Rico en Cayey, quien será su Presidente, el decano de Asuntos Académicos, el decano de Asuntos Administrativos, el decano de Asuntos Estudiantiles, el director de la Biblioteca, cuatro (4) directores de Departamentos Académicos, designados por el rector, de manera que queden representadas las áreas de Ciencias, Artes, Administración de Empresas y Educación, dos (2) representantes del claustro elegidos por el Senado Académico de entre sus miembros y el representante estudiantil ante la Junta Administrativa, según se establece en el Reglamento General de Estudiantes de la Universidad de Puerto Rico. Los directores de departamento servirán sus términos con carácter rotativo por dos (2) años.